結論からすると、いとも簡単に表示されました。misskeyの画面そのものがｗ
まぁそれでも、マルチウィンドウで mastodon と misskey を表示させようという試みは成功したので、良しとしましょう。
手順ですが、次のようになります（macの場合です）。
~/ライブラリ/Application Support/Mstdn/config.json
を適当なテキストエディタで開きます。
"accounts" 項目に、それまでに追加した一つ以上のアカウントが並んでいると思います。ここに、新たに { }内をコピーして、"name" にユーザ名を、 "host" に misskey のホスト名を記述します。
そして、"default_page" には空欄、つまり "" (ダブルクォーテーション2つ)を記述します。
コレで完成。保存して、新たに「mstdn」を起動してみてください。メニューバーのAccounts一覧に、追加した misskey のアカウントが増えていると思います。選択すると、misskey のログイン画面が出ます。
ログインすると、そこにはいつもの misskey の画面が。
これで、mastodon と misskey がマルチウィンドウで楽しめます。
まぁ、ブラウザでマルチウィンドウにしてしまえば似たようなことは出来てしまうのですが、ここはあえて専用ブラウザ(？)で。
ちなみに私は、open-mstdn-app コマンドを Automator でワンクリックで起動出来るようにしています。
さて、問題点がありまして、確かに起動して画面は表示されるのですが、どうもタイムアウトで画面が消える時があります。はて、何かオプションが必要なのでしょうか･･･。